為了加強對洪水影響評價的管理工作，水利部在2013年發(fā)布了《關于加強洪水影響評價管理工作的通知》（水汛〔2013〕404號），其中明確規(guī)定了洪水影響評價工作的組織領導、管理目標要求、評價報告的編寫和審批管理機制、報告審批的條件以及評價監(jiān)督管理等方面的具體要求。

2014年，水利部發(fā)布了《關于深化水利改革的指導意見》（水規(guī)計〔2014〕48號），提出要大幅度減少水行政審批事項，進一步簡政放權，深化水行政審批制度改革。要將推進水工程建設規(guī)劃同意書、建設項目水資源論證、洪水影響評價、水土保持方案、涉河建設項目、水利基建前期工作等審查審批項目分類合并實施。同時，改進水行政審批和監(jiān)管方式，對于確需保留的水行政審批事項，要明確管理層級、簡化審批程序。

2015年，水利部發(fā)布了《關于改革高速公路在水域管理范圍內(nèi)的行政審批的通知》（水政法〔2015〕431號），明確了與高速公路建設相關的三個行政審批事項：河道管理范圍內(nèi)建設項目工程建設方案審批、非防洪建設項目洪水影響評價報告審批和生產(chǎn)建設項目水土保持方案審批的改革事宜。如果高速公路項目要跨越多個河道管理范圍、洪泛區(qū)、蓄滯洪區(qū)，需要同時申請2個或更多河道管理范圍內(nèi)建設項目工程建設方案審批、非防洪建設項目洪水影響評價報告審批，應該以項目法人為單位編制一份技術報告并一并進行審批。

2016年，水利部發(fā)布了《水利部整合投資項目涉水行政審批實施辦法》（水規(guī)計〔2016〕22號），進一步對涉水行政審批的投資項目進行了分類整合。將水工程建設規(guī)劃的同意書審批、河道管理范圍內(nèi)建設項目工程建設方案的審批、非防洪建設項目的洪水影響評價報告審批以及國家基本水文測站上下游建設對水文監(jiān)測工程的審批整合為了“洪水影響評價類審批”。